La represa San Juan se encuentra en la cuenca del río Grande de Loíza, uno de los principales ríos de Puerto Rico. El embalse creado por la represa tiene una capacidad de almacenamiento de aproximadamente 1.2 millones de metros cúbicos de agua. Esta gran cantidad de agua almacenada permite la generación de energía hidroeléctrica a través del aprovechamiento del flujo y caída del agua.
La estructura principal de la represa San Juan consta de una presa de gravedad, que es un tipo de presa construida con hormigón o mampostería. Esta presa se levanta sobre el río y crea un embalse al bloquear el flujo natural del agua. El embalse acumula agua durante períodos de lluvia y luego libera gradualmente el agua almacenada para generar electricidad.
La represa San Juan es administrada y operada por la Autoridad de Energía Eléctrica de Puerto Rico (AEE). La AEE es responsable de garantizar el funcionamiento seguro y eficiente de la represa, así como de mantener y reparar cualquier equipo o estructura relacionada.